В случае, если зарплата начислена в одном отчетном периоде, а выплачена в другом, или, выплачена в том же отчетном периоде, но срок перечисления налога на доходы переходит на следующий, формы 6-НДФЛ заполняются с учетом перехода.
Например, удержание НДФЛ с заработной платы, начисленной за декабрь 2016 года, производится в январе 2017 года непосредственно при выплате заработной платы, данная сумма налога отражается только по строке 040 и не отражается по строкам 070, 080 раздела 1 расчета по форме 6-НДФЛ за 2016 года. Данная сумма налога переходит в строку 070 раздела 1, а также непосредственно сама операция в разделе 2 формы 6-НДФЛ за первый квартал 2017 года. При этом, программа просматривает предыдущий период, в случае, если в предыдущем отчетном периоде строка была уже отражена, в текущем отчетном периоде включение данной строки ее не будет (т.е. нет необходимости подачи корректировок).
В случае, когда срок уплаты налога наступает в следующем отчетном периоде, операция, связанная с выплатой зарплаты и перечислением НДФЛ, завершается в этом периоде.То есть, зарплата за сентябрь, выплаченная 30 сентября, отражается в разделе 1 расчета 6-НДФЛ за 9 месяцев (заполняются строки 020, 040 и 070) и в разделе 2 расчета за год.
Формирование происходит, согласно следующих документов:
письмо ФНС России от 29.11.2016 г. № БС-4-11/22677@, в котором ИФНС разъяснила порядок заполнения расчета строки 70 формы 6-НДФЛ в случае, когда зарплата начислена в одном годе, а выплачена в другом годе.
www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/71489536/
письмо от 24.10.2016 № БС-4-11/20120, в котором разъясняется порядок заполнения расчета по форме 6-НДФЛ в случае, когда зарплата начислена и выплачена в конце одного отчетного периода, а срок перечисления налога наступает в другом отчетном периоде.
www.nalog.ru/rn77/about_fts/about_nalog/5975285/
письмо ФНС от 16.05.16 N БС-4-11/8609 в строке 080 (не удержанный налог) не отражается сумма исчисленного налога в текущем квартале и удержанная в следующем квартале.